Die Funktion der Atemwege ist nicht auf die Versorgung mit Sauerstoff beschränkt: Den Atemwegen kommt auch eine wichtige Schutzfunktion vor Bakterien, Viren und Fremdkörpern zu. So filtern bereits die Nebenhöhlen einen Großteil von Fremdkörpern wie Pollen oder Staub aus der Atemluft. Zudem sorgen sie für eine gleichmäßige Feuchtigkeit und Temperatur und erlauben uns damit das Atmen selbst bei winterlichen Temperaturen oder Wüstenklima, ohne dass die Lunge auf solche Extrembedingungen mit Entzündungen reagiert.

Die Atemwege sind mit Schleimhäuten ausgekleidet – deren Funktion u. a. ist die Bildung einer Schleimschicht. Die Bildung von Schleim dient der ständigen Befeuchtung und dem Abfangen von Fremdkörpern und Keimen. Bei gesunden Menschen stehen Bildung und Abtransport von Schleim in einem Gleichgewicht, das wir gar nicht bemerken. Eine Störung dieses Gleichgewichtes kann zu Erkrankungen der Atemwege führen.